Zaqatala İqtisad Məktəbinə ümumi rəhbərlik məktəbin elmi şurası tərəfindən həyata keçirilir. Məktəbin Elmi Şurası UNEC rektorunun əmrinə əsasən 3 il müddətinə seçilir. Məktəbin Elmi Şurasının sədri-rəhbərdir. Fakultə Elmi Şurasının vaxıtndan əvvəl yenidən seçilməsi onun üzvlərinin ən azı 2/3 hissəsinin tələbi ilə, həmçinin müstəsna hallarda UNEC rektorunun təqdimatına görə həyata keçirilə bilər. Fakultə Elmi Şurasının tərkibi UNEC rektoru tərəfindən təsdiq edilir. Fakultə Elmi Şurasının tərkibi və səlahiyyətləri Azerbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyi təsdiq edilmiş qaydalarla tənzimlənir.